หลายๆ คน คงอดสงสัยไม่ได้ว่า โกโก้สีเข้ม และสีอ่อน ที่เราเห็นนั้น มีความแตกต่างกันอย่างไร ก่อนอื่นขออธิบายถึงที่มาของผงโกโก้ก่อน ก่อนที่จะมาเป็นผงโกโก้นั้น เมล็ดโกโก้ (Cocoa bean) จะถูกนำไปคั่ว แล้วบดจนอยู่ในสภาพของเหลวหนืดๆ ที่เรียกว่า Cocoa Mass จากนั้นจึงนำไปผ่านขั้นตอนการแยกของแข็งและของเหลว
ซึ่งมีสองวิธีทำ วิธีแรกคือ Broma Process เป็นการนำ Cocoa Mass ใส่ในถุงผ้าแขวนไว้ในห้องอุ่นๆ ไขมันโกโก้จะค่อยๆ หยดออกมา จะเหลือก็แต่ส่วนที่เป็นของแห้งที่เรานำมาบดเป็นผงโกโก้นั่นเอง ส่วนอีกวิธีหนึ่งเป็นการใช้แผ่นไฮโดรลิคบีบ Cocoa Mass ให้ส่วนไขมันไหลออกมา ซึ่งจะได้จำนวนไขมันน้อยกว่าวิธีแรก โดยปกติแล้ว เมล็ดโกโก้จะมีไขมันอยู่ในสัดส่วนประมาณ 50% นอกจากส่วนที่ออกมาเป็นของเหลว ก็จะมีส่วนที่ค้างอยู่ในส่วนที่เป็นของแห้งอีกเล็กน้อย เทียบได้เป็น 20-22% ของน้ำหนักของแห้งนั้น และของแห้งส่วนนั้นเมื่อนำมาบดจนละเอียดเป็นผง ก็คือผงโกโก้นั่นเอง
ผงโกโก้ที่เราได้มานั้น จะมีสีน้ำตาลอ่อนๆ เป็นผงโกโก้ทีเราเรียกว่า Natural Cocoa Powder หรือผงโกโก้ธรรมชาตินั่นเอง ปกติแล้ว ผงโกโก้จะมีค่าความเป็นกรดอ่อนๆ เวลานำไปเป็นส่วนประกอบของแป้งทำขนมอบ จึงมักจะต้องมีส่วนประกอบของเบกกิ้งโซดาอีกด้วย เพราะเบกกิ้งโซดามีค่าความเป็นด่าง และจะทำปฏิกิริยากับส่วนผสมที่เป็นกรดเท่านั้น
นอกจากผงโกโก้ธรรมชาติ ก็มีผงโกโก้อีกชนิดที่เราเรียกว่า ผงโกโก้แบบดัชต์โพรเซส (Dutch-Process Cocoa) ในขั้นตอนการผลิตผงโกโก้แบบนี้ เมล็ดโกโก้จะถูกนำไปล้างผ่านโปตัสเซียมก่อน เพื่อทำให้ลดกรดและมีค่าเป็นกลาง ก่อนที่จะนำไปผ่านขั้นตอนตามปกติ ผลที่ได้รับจากการทำให้มีค่าเป็นกลางนั้นได้แก่ ผงโกโก้จะมีสีที่เข้มขึ้น รสชาติจะนุ่มนวลขึ้น เมื่อนำไปทำของหวานประเภทบราวนี่หรือคุกกี้จะได้สีที่เข้มสวย ซึ่งผงโกโก้แบบดัชต์โพรเซสจะใช้คู่กับผงฟูซึ่งมีค่าความเป็นกลาง เพราะถ้าใช้กับเบกกิ้งโซดา เบกกิ้งโซดาก็จะไม่ให้ผลอย่างที่ควรจะเป็น
ข้อแตกต่างหลักๆ ของผงโกโก้แบบธรรมชาติ และผงโกโก้แบบดัชต์โพรเซส คือ แบบดัชต์โพรเซสจะมีสีที่เข้ม ละลายได้ง่ายกว่า และมีรสชาติที่นุ่มกว่า ในขณะที่แบบธรรมชาติสีจะอ่อน มีรสชาติเข้มกว่า และออกเปรี้ยวนิดๆ